Debido a que la mayor parte de los archivos se quemaron en las vicisitudes de la guerra civil, la historia de Ojén es poco conocida por las dificultades para recabar datos.
Se sabe que, aunque se han encontrado restos neolíticos por alguna zona de su término, su origen como localidad es árabe. Testigo de ello son las ruinas del que fuera su castillo, avanzadilla o castillejo del cuartel general de Fuengirola y que es citado en varias ocasiones con motivo de encuentros entre el mozárabe señor de Bobastro y los emires de Córdoba.
La primera vez que se cita Ojén es en la "Crónica de las hazañas de los emires cordobeses". Según la crónica, Abderramán III inicia una batalla para someter la rebelión de los mozárabes (cristianos que vivían en las tierras musulmanas) y los muladíes malagueños. Se sabe que una de las batallas entre los rebeldes y el ejército fue delante de las murallas del Castillo de Ojén. La sublevación de los mozárabes provocó la existencia de un reinado efímero con capital en Bobastro; en el año 921 Abderramán liberó Ojén y su Iglesia fue convertida en mezquita. Tras la opresión fiscal y religiosa de los musulmanes forzó a muchos cristianos béticos a emigrar a las tierras del norte. Es posible que estos emigrantes fueran a para hasta tierras orensanas, ya que allí existe otro Ojén. En 1.485 los musulmanes capitulan ante el Rey Fernando el Católico y se entra de lleno en la Edad Moderna. En aquella época Ojén enviaba a Marbella para exportar a África, pasas, higos secos, almendras, sedas, cera y miel de sus colmenas. Los musulmanes mudéjares pasan a ser vasallos de Castilla y en 1.492 los Reyes Católicos toman totalmente el Reino de Granada, finalizando la Reconquista.
Ojén se constituye en Concejo y se realiza el deslinde del término. Ojén depende de Marbella, que nombra un regidor con jurisdicción civil y criminal. Los Reyes no permitieron la presencia de musulmanes a menos de una legua de la Costa y muchos habitantes de Marbella se establecen en Ojén; la medida se tomó para evitar la colaboración musulmana con los piratas turcos y berberiscos. Había entonces en Ojén 114 vecinos, cuatro de ellos cristianos viejos. A pesar de la promesa de respetar el islamismo los cristianos levantan una Iglesia el 25 de Mayo 1.505, por orden del arzobispo de Sevilla, Diego de Deza. De esta forma Ojén quedaba parroquiado oficialmente, tocándole tributar al Real Subsidio desde 1530. Los impuestos y la cristianización causan malestar entre los moriscos, hasta que en 1.568, durante la Monarquía de Felipe II se produce la rebelión de los moriscos de Istán, y en 1.569 se les unen los moriscos de Ojén, que huyen con sus familias y enseres a las sierras cercanas abandonando las tierras después de matar a sus vecinos cristianos viejos e incendiar la Iglesia, casas y cultivos. Felipe II nombra el Duque de Medina Sidonia y la Duque de Arcos para pacificar la Serranía de Ronda y acabar con la rebelión. En 1.570 finaliza la guerra y Ojén es repoblado por cristianos viejos. El problema morisco continúa en España hasta que en 1.609 el Rey Felipe III expulsa a los moriscos. Alrededor de 1650 nuestro pueblo ya eran florecientes sus cofradías del Santísimo y de la Vera Cruz.
En 1.772 el cronista británico Francis Carter, escritor y viajero inglés estuvo en nuestra provincia. De su paso por Ojén destaca la descripción de la dura y peligrosa subida desde Marbella hasta llegar a divisar a nuestro pueblo al pie de uan sierra tan frondosa, que el pueblo y los caminos que los rodean están literalmente cubiertos, sombreados y coronados de todo tipo de frutales. Describe Ojén como "un pueblo de gente afable, sencilla, que desconoce el té y el café, pero disfruta de leche de cabra en sus tazas de barro". En 1.808 Carlos IV concede a Ojén independencia de la jurisdicción de Marbella. En 1.905 Pedro Fernández mandó construir la Fuente de los Chorros y en 1.906 el Marqués de Larios levantó el Palacio de Juanar como refugio de caza, donde en una ocasión fue invitado el Rey Alfonso XIII. El Palacio de Juanar fue habilitado como Parador Nacional en 1.965 y desde 1.984 lo explota una cooperativa de trabajadores de Ojén.
Es de tener en cuenta la existencia hasta hace poco del prestigioso aguardiente de Ojén, que desapareció con la muerte de su artesano-productor que no deja a nadie su fórmula, así como el abandono del cultivo de las viñas. Hoy día apenas se conservan unas botellas de licor que se guardan como verdaderas reliquias. Una de ellas está en el Ayuntamiento en una hornacina de Dunita.
Ojén fue pionero en España de la exportación del hierro. En sus minas se hizo famoso el aguardiente "de la media copita". También se han explotado el talco, niquel, cromo y la dunita o pedregala. Hoy día todas estas explotaciones están abandonadas, aunque se estudia la reexplotación de la dunita. Tampoco perduran en nuestros días lso dos molinos de aceite que hubo, ni los tres de arena, aunque sí existe alguna cantera.
